Алакольский заповедник создан 21 апреля 1998 г. Площадь – 20000 тыс. га. Расположен на территории Алматинской (17710 га) и Восточно-Казахстанской (2290 га) областей, в Алакольской котловине между горными системами Джунгарского Алатау и Тарбагатая. Находится в ведении Комитета лесного и охотничьего хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан.
Состоит из 2-х участков: дельты реки Тентек, берущей начало в Джунгарском Алатау и островов оз. Алаколь — Большого, Среднего, Каменного.
Климат района резко континентальный, характерный для внетропических пустынь, с засушливым летом и сравнительно холодной, малоснежной, ветреной зимой. Над территорией господствуют три основных типа воздушных масс: арктические, полярные, тропические.
В Алакольском заповеднике зарегистрировано 369 видов сосудистых растений, которые относятся к 57 семействам и 193 родам. Спорадически распространены такие виды, как бескильница Рожевицева, ива прутьевидная, хмель обыкновенный, марь душистая, лядвенец торчащий и др. Очень редко встречаются лук дернистый, кувшинка белая, перловник трансильванский, молочай реснитчатоплодный, астрагал уялинский, астрагал птицеклювый, риндера светло-желтая, шлемник лодочковый, барбарис разноцветоножковый и др.
Фауна рыб Алаколь-Сасыккольской системы озер включает 22 вида; из этого числа в пределах Алакольского заповедника обитают 15 видов, все они — в дельте Тентека и пять видов — в районе Каменных островов на оз. Алаколь.
Уникальность озера Алаколь заключается в том, что на его островах расположены гнездовые колонии реликтовой чайки — редчайшего вида, занесенного в Красную Книгу Международного союза охраны природы (МСОП). Фауна птиц равнинной части включает 339 видов, из них 203 — гнездящихся. Из редких и исчезающих птиц, включенных в Красную книгу Казахстана, в Алакольской котловине зарегистрировано пребывание 38 видов.
На озере во время массовых сезонных миграций, для отдыха и кормежки скапливается до 5 млн птиц, в охране которых заповедник играет важнейшую роль.
