Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығы Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің 1976 жылғы 4 тамыздағы № 365 қаулысына сәйкес Марқакөл (қазіргі Күршім) ауданының аумағында құрылған. Қорықты ұйымдастырудағы негізгі мақсат – Оңтүстік Алтайдың табиғи кешендерін сақтау және зерттеу, қара қылқанды тайганың биоценоздарын қалпына келтіру әдістерін әзірлеу, сондай-ақ Марқакөл көліндегі балықтардың экологиясы мен сандық динамикасын зерттеу болды.Бастапқыда қорықтың жалпы аумағы 71 367 гектарды құрады. Оның 26 917 гектары – құрлық, 43 950 гектары – көл акваториясы.
1988 жылы қорықтың құрамына Марқакөл көлінің шығыс және солтүстік-шығыс бөліктері (Жуков бұлағынан Тихушка өзеніне дейінгі аралық), сондай-ақ Тополевка өзенінің орта ағысы қосылды. Осылайша көлдің бүкіл акваториясы қорғауға алынды. Қорықтың аумағы 75 048 гектар болды.
2007 жылы Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2007 жылғы 11 желтоқсандағы № 1214 қаулысына сәйкес қорықтың аумағы тағы 27 931 гектарға ұлғайтылды. Қорық құрамына Күршім жотасының оңтүстік беткейі (Марқакөл көлінің солтүстік жағалауы), көлге құятын уылдырық шашу өзендерінің аңғарлары (Еловка, Ближняя, Средняя, Дальняя, Глухова және т.б.), Жиренька өзенінен басталатын шығыс жағалау, Тихушка өзенінің сағасы және Кальджир өзенінің жоғарғы ағысы қосылды.Бүгінде қорықтың жалпы аумағы 102 979 гектарға жетті, бұл Марқакөл қазаншұңқырының 87%-ын құрайды. Оның 44,7%-ы – көл акваториясы. Орман алқаптары – 18 924,08 гектар, ормансыз аумақтар – 62 560,12 гектар, жайылымдар – 21 494,8 гектар.
Қорықтың негізгі міндеттерінің бірі – қорықтан бұрын бұзылған және 1997 жылғы өрттен зардап шеккен аумақтарда ормандарды қалпына келтіру, эталондық орман учаскелерін сақтау, генетикалық қорды қорғау, эрозиялық процестердің алдын алу және экологиялық жағдайды жақсарту.
Марқакөл – Алтайдағы ең ірі су айдыны. Ол теңіз деңгейінен 1500 метр биіктікте, көркем тауаралық қазаншұңқырда орналасқан. Көлдің пішіні сопақша, солтүстік-шығыстан оңтүстік-батысқа қарай созылып жатыр. Ұзындығы – 38 км, ең үлкен ені – 19 км, жағалау сызығы – 106 км. Тереңдігі 24–27 м, орташа тереңдігі – 14,3 м.
Көл қазаншұңқырын қоршаған жоталар:
– солтүстігі мен батысында – Күршім жотасы,
– оңтүстігі мен шығысында – Азутау,
– солтүстік-шығысында – Сорвенков жотасы.
Жоталардың биіктігі 2000–3000 м, ең биік нүктесі – Ақсу-Бас тауы (3304,5 м).
Көл суы жасылдау-көгілдір түсті. Ауа райына байланысты түсі көк, көгілдір, күміс, жасыл, кейде қара немесе сұр түске өзгеріп отырады. Кешкі уақытта көл айрықша алтын-сары түске боялып, түрлі реңктерге енеді. Су өте жұмсақ және тұщы, қыста толықтай қатады. Көлге 95-ке жуық үлкенді-кішілі су арнасы құяды. Ең ірілері: Тополевка, Төменгі Еловка, Жиренька, Глуховая, Жоғарғы Еловка, Тихушка, Матабай, Тесной бұлағы.
Флорасы
Марқакөл қорығында жоғары сатыдағы өсімдіктердің 700-ден астам түрі өседі.
Мұнда Алтайға тән эндемиктер – алтай ақшөбі, ұқсас герань; Алтай–Саян аймағына тән түрлер – сібір кандыгы, алтай жаңғағы, көпгүлді ожика, әржапырақты қызғалдақ, бухтармин сүттігені өседі.
Құнды өсімдіктер қатарына:
– дәрілік: радиола раушан, сафлоратәрізді рапонтикум, бұршақтамыр пион, шайқурай;
– дәруменді: қара және қою-қызыл қарақат, алтай жүзімі;
– талшықты: қосүйлі қалақай;
– декоративті: қызғалдақ, кербез лалагүл, алтай шамшырағы;
– тағамдық: алтай пиязы, алтай жаңғағы;
– құрылысқа қолданылатын: сібір самырсыны, ілінгіш қайың;
– балды өсімдіктер жатады.
Марқакөл қазаншұңқырында ерекше қорғауға алынған 72 өсімдік түрі бар. Оның 23 түрі Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген.
Фаунасы
Қорықта омыртқалы жануарлардың 316 түрі мекендейді:
– 59 – сүтқоректілер,
– 245 – құстар,
– 4 – бауырымен жорғалаушылар,
– 2 – қосмекенділер,
– 6 – балықтар.
Қазақстанның Қызыл кітабына 22 түр, Халықаралық табиғат қорғау одағының Қызыл тізіміне (IUCN) 11 түр енгізілген. Олардың ішінде: қар барысы, тас сусар, алтай ұлары, бүркіт, аққұйрық субүркіт, сұңқар-тұйғын және басқалары бар.
Көлде ленок, сібір хариусы, гольян, пескарь, голец сияқты 6 балық түрі тіршілік етеді. Оның ішінде Қара балық пен хариус – Марқакөлге ғана тән эндемиктер.
Құстар әлемі өте бай. Әртүрлі жылдары қазаншұңқырда 258 құс түрі анықталған, оның 239-ы қорық кезеңінде тіркелген, 140-ы ұя салады. Қызыл кітапқа енгізілген 19 сирек құстың 7 түрі осында ұялайды: қара дегелек, сұр тырна, тұйғын, аққұйрық субүркіт, бүркіт, үкі және алтай ұлары.
Сүтқоректілерден: марал, бұлан, елік, тау текесі; жыртқыштардан – қоңыр аю, қасқыр, түлкі, сілеусін, құну, сусар, ақкіс, солонгой, колонок, дала құндызы, американ сусары, ласка, құндыз кездеседі. Кейде қар барысы да байқалады. Насекомжегіштерден – алтай көртетігі, су жертесері және бірнеше жертесер түрлері таралған.Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығы өзінің құрылған кезеңінен бері бірегей табиғи кешенді сақтау және зерттеу бағытында орасан зор жұмыс атқарды. Қорық – еліміздің аса бағалы табиғи мұраларының бірі.
